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演習で使えそうなこと

テンプレ

  • Ruby でコマンドライン引数をとるときは ARGV[0] .
  • fasta 形式のファイルには複数種のデータが格納されているので,each_entry で処理する.

      # "program.rb"
      require "bio"
    
      File.open(ARGV[0], "r") do |file| # "r" => read, "w" => write
          Bio::FlatFile.auto(file).each_entry do |entry|
          # ここに処理を書く
          end
      end
    
  • コマンドライン引数でファイル名を渡す.
  • ruby を先頭につけて実行するならシバンを書く必要はない.

      $ ruby program.rb uniprot.fasta
    

おすすめのgem

  • ricecream
    変数の値を変数名と一緒に表示してくれるので,デバッグが便利になる
    詳しい使い方はこちら
      require 'ricecream'
    
      foo = 123
      p foo  # => 123
      ri foo # => ic| foo: 123
    

そのほか

思いついたら随時更新します.