電子情報工学演習B 第4回

課題

SwissProt データベース(uniprot_sprot.fasta) 中の各アミノ酸の出現頻度（絶対数およびパーセント値）を求め、出現頻度の降順にソートしてアミノ酸の3文字コード、1文字コードと合わせてリストを作成しなさい。

方針

• データベース中の各エントリに出現するアミノ酸の絶対数を算出
• 全エントリの合計を算出
• ハッシュの中身をソートし、配列を得る
• リストを出力する
  • エクセルを別途開くのが面倒なので筆者は TSV 形式でデータを出力しました。

使えそうなメソッドなど

• Hash.merge!
Hash と Hash をマージする。

    foo = { a: 10, b: 20 }
    bar = { b: 30, c: 40 }
    foo.merge!(bar) { |key, foo_value, bar_value| foo_value + bar_value }
    p foo
    # => {a: 10, b: 50, c: 40}
  

• Bio::Sequence::AA.codes
  アミノ酸の 1 文字コードを 3 文字コードに変換する。

    require "bio"
  
    seq = Bio::Sequence::AA.new("RRLE")
    p s.codes
    # => ["Arg", "Arg", "Leu", "Glu"]
  

• 文字列中での式の展開

    number = 0.01
    str = "The number is #{number}, It means #{number * 100}%."
    p str
    # => The number is 0.01, It means 1.0%