電子情報工学演習B 第5回

課題

GC 含量の解析
ウイルス由来の DNA 配列の GC 含量の分布を調べる。

使えそうな知識

• less

    $ less ddbjvrl01.seq
  

  vim コマンドで操作します。矢印キーも使えます。
  知っておくとよさそうなものを抜粋すると

  キー	動作
  /<word>	word を検索
  n	検索した文字列の次のマッチへ移動
  N	検索した文字列の前のマッチへ移動
  gg	ファイルの先頭に移動
  G	ファイルの末尾へ移動
  q	終了

  詳しくはこちらへ

  • 【 less 】コマンド（基本編）
  • あなたはだんだん、ファイルを読むのにlessコマンドを使いたくなる
• GC 含量
  塩基配列の GC 含量は gc_percent メソッドで得られます。

    bioruby> dna = getseq("atgcatgcaaaa")
    bioruby> p dna.gc_percent
    # => 33
  

• gnuplot
  • ruby の gnuplot ラッパーもありますが、ここでは割愛します。興味があればぜひどうぞ。

    # "GC contents (%)" "Frequency"
    5 8
    10 12
    15 13
    .
    .
    .
    85 12
    90 9
    95 7
    100 6
  

    set nokey
    set ylabel "Freqency"
    set xlabel "GC Contents (%)"
    set style fill solid 0.5
    set term pdfcairo color size 4in, 3in # カラー
    set output "histogram.pdf"
    plot [0:100] "hist.dat" using ($1-2.5):2 with boxes